Ceza kesintisi karşımıza iki türlü çıkmaktadır: İşin zamanında tamamlanmamasından kaynaklı ceza ve işin ihale dokümanına uygun yapılmamasından kaynaklı ceza. Her iki durumda da ceza kesintisi yapılmaktadır. Süre uzatımı bölümünde detay açıklama yapılmış olmakla birlikte, ihale dokümanına aykırılık halinde uygulanacak ceza kesintisi mahiyet itibarıyla biraz farklıdır. İhale dokümanın aykırılık halinde uygulanacak ceza sözleşme tasarısında idarelerce gösterilmelidir. Bu gösterme açık bir şekilde yapılabileceği gibi atıf şeklinde de yapılabilir.

İhale dokümanına aykırılık halinde uygulanacak cezaların ağır ve hafif ayrıma tabi tutulması ve düzenlemelerin de buna uyarlı yapılmasında fayda bulunmaktadır.

Ceza kesintisi yüklenicinin kusuruyla ilgilidir. Yüklenicinin kusuru olmadığı hallerde ceza kesintisi yapılabilmesi mümkün değildir.

Sayıştay Temyiz Kurulunun 05.01.2010 tarih ve 31037 nolu kararına konu çöp toplama hizmet alımında araçların tamamı getirilmiş olmakla birlikte, idarenin bu araçların tamamını kullanmamış olması ceza kesintisi için bir gerekçe olarak kabul edilmemiştir:

“Sözleşmede yüklenicinin araçları süresi içerisinde hizmette kullanmaması halinde ceza kesileceği, süresi içerisinde teslim edilmeyen araçlar için bu cezaların uygulanarak firmanın hakedişinden kesileceği belirtilmektedir. Söz konusu araçların idareye teslim edildiği ancak idareden kaynaklanan sebeplerle bazı aylarda hizmette kullanılmadığı, ancak hizmette kullanılmadığı süre için de ödeme yapılmadığı anlaşılmaktadır. Bu nedenle dilekçi iddialarının kabulü ile 89 sayılı ilamın 5(A) maddesiyle toplam 620.000,00 YTL’ye dair tazmin hükmünün KALDIRILMASINA”